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《2022 带文档生物信息处理技术--Linux入门及应用重庆邮电 112讲视频教程》

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生物信息处理技术--Linux入门及应用重庆邮电

绪论

1.1 生物信息处理技术概述

1.2 生命中的信息

Linux常用命令

2.1 Linux系统概述

2.2 Linux文件系统

2.3 Linux命令格式

2.4 ls命令

2.5 mkdir命令

2.6 pwd命令

2.7 cd命令

2.8 rmdir命令

2.9 cat命令

2.10 zcat命令

2.11 head与tail命令

2.12 more命令

2.13 less命令

2.14 comm命令

2.15 diff命令

2.16 cp命令

2.17 mv命令

2.18 rm命令

2.19 ln命令

2.20 touch命令

2.21 chown命令

2.22 chmod命令

2.23 locate命令

2.24 find命令

2.25 file命令

2.26 stat命令

2.27 grep命令

2.28 cut命令

2.29 paste命令

2.30 sort命令

2.31 uniq命令

2.32 wc命令

2.33 sed命令

2.34 tr命令

2.35 awk命令

2.36 perl命令

2.37 man命令

2.38 top命令

2.39 ps命令

2.40 kill命令

2.41 sleep命令

2.42 前台后台相关命令

2.43 zip-unzip命令

2.44 gzip-gunzip命令

2.45 bzip2-bunzip2命令

2.46 tar命令

2.47 ssh命令

2.48 scp命令

2.49 wget命令

2.50 curl命令

2.51 ftp-lftp命令

2.52 who-w命令

2.53 date命令

2.54 cal命令

2.55 clear命令

2.56 passwd命令

2.57 time命令

2.58 echo命令

VI编辑器

3.1 VI编辑器简介

3.2 VI进入与退出

3.3 VI的两种模式及其转换

3.4 VI光标移动方法

3.5 VI滚屏及翻页

3.6 VI文本删除命令

3.7 VI文本修改命令

3.8 VI文本复制命令

3.9 VI文本合并命令

3.10 恢复与撤销命令

3.11 重复命令

3.12 命令组合

3.13 VI缓存寄存器

3.14 ex模式

3.15 VI多文件编辑

3.16 常用VI设置

3.17 VI编辑器总结

Shell脚本编程基础

4.1 Shell概述

4.2 命令行编辑

4.3 别名

4.4 Shell特殊字符

4.5 通配符

4.6 引号

4.7 转义符与路径符

4.8 输入输出重定向

4.9 注释和后台命令

4.10 命令组合符

4.11 成组命令

4.12 Shell变量：用户自定义变量

4.13 位置变量

4.14 Shell预定义变量

4.15 环境变量

4.16 算术运算

4.17 Shell控制结构

4.18 判断

4.19 循环

4.20 Shell中的括号

4.21 函数

4.22 进程与作业控制

4.23 Shell内置命令与外部命令

4.24 eval

4.25 exec、source与.命令

4.26 hash

4.27 readonly

4.28 type

4.29 unset

4.30 wait

4.31 Shell脚本调试

应用实例

5.1 Linux在生物信息数据处理中的应用

5.2 实例1：公共数据库数据下载

5.3 实例2：数据格式转换

5.4 实例3：系统发育树构建

5.5 实例4：蛋白质信息分析

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